Le réseau de Champagnole voit à nouveau circuler des trains trois jours par semaine à partir du 13 juillet 1940, mais certaines dégradations commises lors des combats ne permettent pas d'aller au début au-delà de Nozeroy. Devant l'affluence et les demandes des autorités allemandes, ce service est étoffé avec des trains circulant les dimanches et jours de fêtes.
À partir du 8 mai 1941, un aller-retour journalier est assuré sur les deux lignes, ainsi qu'un aller-retour supplémentaire les jours d'affluence (mardi, jeudi, samedi, dimanche et fêtes), et des trajets ont lieu entre Champagnole et Sirod le jeudi (2 AR), et les dimanches et fêtes (1 AR).
Au 4 mai 1942, un aller-retour est assuré sur les deux lignes les lundis, mercredis et vendredis, deux AR ont lieu les mardis, jeudis, samedis et dimanches, et un AR supplémentaire entre Champagnole et Sirod est assuré le jeudi. Ce service va perdurer sans grand changement jusqu'à la fermeture.
Dès le 23 août 1940, la question de la desserte de Foncine-le-Haut est à l'ordre du jour, certains officiers allemands réclamant le rétablissement d'un service voyageurs et marchandises entre Foncine-le-Haut et Saint-Laurent, sous l'égide des C.F.D. (Compagnie des Chemins de fer du Doubs).
En effet, depuis la fin de l'année 1939, cette localité n'est plus desservie pour les voyageurs que durant l'été par la ligne des Chemins de Fer du Doubs venant de Pontarlier. La destruction ou l'endommagement de trois ouvrages d'art de cette ligne le 15 juin 1940 font cesser toutes les relations ferroviaires.
Seule subsiste la navette assurée par les C.F.V. entre Foncine-le-Bas et Foncine-le-Haut au moyen du locotracteur Berliet. Et cette desserte devient de plus en plus problématique avec le rationnement de l'essence nécessaire au fonctionnement du locotracteur.
Si la desserte de la vallée de Mouthe représente un grand intérêt pour les populations et les marchandises, il n'en va pas de même pour la section allant de Foncine-le-Bas à Saint-Laurent, au trafic anecdotique. De plus, les difficultés administratives soulevées par l'exploitation d'une ligne appartenant à une autre compagnie, et qui plus est en instance de déclassement, font que cette section est volontairement oubliée.
Après de nombreux pourparlers, les C.F.V. réussissent à confier l'exploitation de la section entre les deux Foncine aux C.F.D., qui ne manquent pas de rappeler que cette exploitation sera assurée de manière temporaire jusqu'à la réfection de la ligne vers Pontarlier. La navette marchandises des C.F.V. cesse au début du mois d'octobre pour laisser la place aux trains vapeur des C.F.D.
Mais ceux-ci ne sont guère pressé de mettre en route des trains qu'ils prévoient pour le moins déficitaire, et il faut attendre une injonction des autorités allemandes du 7 décembre 1940 pour que les choses bougent.
À cause des chutes de neige, le trafic ne reprend pour les marchandises (et peut-être les voyageurs ?) que le 6 janvier 1941 entre Mouthe et Foncine-le-Bas. L'hiver étant particulièrement rude, le trafic est de nouveau interrompu dès le 10. Il reprend à nouveau entre le 27 janvier et le 3 février pour le compte des Allemands. Il n'est pas certain que le trafic ait été assuré par la suite.
Avec la reconstruction des ponts, le trafic voyageurs peut reprendre normalement depuis Pontarlier à partir du 13 avril 1941. Toutefois Foncine-le-Bas reste desservie les jeudi. Cette exploitation dure jusqu'à l'hiver 1941-1942, où de nouvelles chutes de neige bloquent la voie.
À partir du 24 janvier 1942 la voie n'est plus praticable entre Mouthe et Foncine-le-Bas, et la ligne n'est pas rouverte. Le 12 mai la commission départementale décide de ne pas rétablir de liaison voyageurs entre Chaux-Neuve et Foncine-le-Bas. Néanmoins, des trains marchandises à la demande restent assurés si le trafic l'exige. C'est ce trafic qui se maintiendra jusqu'au début de l'année 1946, date de son abandon.
copyright Elie Mandrillon 2005