En 1945, le département se préoccupe de la réduction des frais d'exploitation et décide de faire un essai de desserte voyageurs accélérée. Ce service, mis en place à partir du 1er août 1945, est assuré par des automotrices Laborie louées aux C.F.D. Le temps de parcours entre Lons-le-Saunier et Saint-Claude est alors ramené à 2h20 pour les trains express.
Malheureusement, cette tentative est victime de son succès : les trains assurés par automotrice au départ de Saint-Claude partent presque toujours complets, et ne peuvent de ce fait prendre des voyageurs en route. Du coup l'essai s'interrompt au début de l'année 1946, et les circulations ferroviaires sont alors fortement réduite : il ne subsiste plus que des trains roulant les jeudi et samedi, jours de foire et marché Lons-le-Saunier et Saint-Claude.
Train au terminus de Saint-Claude en 1946 (cliché Artur).
Le déficit, qui s'envole de nouveau à partir de 1946, n'incite guère les élus à faire durer plus longtemps le chemin de fer, qui nécessite d'importantes réparations, tant sur Lons-le-Saunier (voie), que sur Champagnole (caténaire).
Le rachat de la concession du réseau de Lons-le-Saunier est décidé par le Conseil Général le 24 juillet 1946, et en 1947, la décision de fermeture des sections de Clairvaux à Saint-Claude et de La Bifurcation à Orgelet est prise, la section de Lons-le-Saunier à Clairvaux bénéficiant d'un sursis, que l'on pense à l'époque faire durer jusque vers 1950, au besoin par l'achat d'un locotracteur Diesel.
Mais, finalement, tout s'accélère en 1948 : l'autorisation ministérielle du 26 avril valide la fermeture de Clairvaux à Saint-Claude à partir du 1er mars et de La Bifurcation à Orgelet à partir du 9 mai ; celle du 6 juillet permet la fermeture de Lons-le-Saunier à Clairvaux à partir du 1er août.
Quelques rares trains à la demande ont pu circuler entre la date de fermeture et la dépose des voies sur les différentes sections (le dernier ayant apparemment roulé au moment de la dépose des voies vers la Toussaint 1948) ; cette dernière a lieu au cours des années 1948 et 1949, à l'exception des portions de voie comprises entre Lons-le-Saunier les Dombes et la gare des Bains, qui n'intervient qu'en 1950. Pour certaines sections noyées dans la chaussée, dont la dépose ne se fera que lors de la réfection des routes durant les années 1950. La quasi-totalité du matériel roulant est ferraillé entre 1948 et 1951, et le décret de déclassement est signé le 28 décembre 1949.
Le sort du réseau de Champagnole, dont la ligne aérienne est entièrement à refaire, est scellé en deux temps : si le devenir de la ligne de Boujailles, qui aboutit dans une gare où les trains express ne s'arrêtent plus depuis 1938, est réglé le 29 juillet 1948 avec l'autorisation ministérielle de fermeture (déjà depuis l'été 1947 les trains MV ne roulent plus les lundis, mercredis et vendredis sur cette ligne, un service d'autocar Champagnole – Frasne assurant le remplacement), celui de la ligne de Foncine-le-Bas reste en suspens.
En effet, la ville de Foncine-le-Haut étant devenue une station de sports d'hiver, la question de sa desserte les jours d'affluence se pose, la voie des C.F.V. étant toujours en place entre cette gare et Foncine-le-Bas. Il est même envisagé d'électrifier cette section avec du matériel prélevé sur la dépose de la ligne de Boujailles, mais l'ajournement de la dépose de cette dernière fait avorter le projet.
Pendant ce temps, le département du Jura, qui prépare la succession des C.F.V. comme compagnie exploitante, crée le 1er janvier 1949 la R.D.T.J. (Régie Départementale des Transports du Jura, décret du 30 décembre 1948), qui reprend l'exploitation du réseau d'autobus existant, ainsi que celle du réseau de Champagnole à partir du 1er mars 1949. À dater du 15 mai 1949 la ligne de Boujailles ferme définitivement.
Automotrice AM34 à la sortie du triangle de retournement de Foncine-le-Bas en mars 1950 (cliché Laurent).
Le dernier train le 31 mars 1950 ? (coll. Finsterwald)
À compter du 4 mai de cette même année, une navette pour les voyageurs et les messageries est assurée entre Foncine-le-Bas et Foncine-le-Haut au moyen d'une automotrice De Dion-Bouton louée aux C.F.D., qui est apparemment remorquée en permanence entre Champagnole et Foncine-le-Bas afin de pallier les défaillances de la traction électrique.
Les bilans financiers catastrophiques de la dernière ligne encore exploitée par voie ferrée pour l'année 1949 font sauter les dernières oppositions à la fermeture au sein du Conseil Général, et à partir du 1er avril 1950 cesse toute activité ferroviaire. La voie est immédiatement déposée et la matériel roulant vendu à la ferraille, le déclassement intervenant le 13 septembre 1951, et la désaffectation des bâtiments le 2 octobre 1952.
C'en est fini d'un réseau âgé d'à peine 50 ans pour le groupe de Lons-le-Saunier et seulement 25 pour celui de Champagnole, dont la fermeture passe presque inaperçue dans les journaux de l'époque. Un commentaire résume bien l'état d'esprit qui prévaut à cette époque : « Le réseau (...) a bénéficié d'une survie de huit ans due à la disparition des autres modes de locomotion durant la guerre ; il a rendu les derniers services qu'il pouvait rendre, mais maintenant son heure a sonnée ».
copyright Elie Mandrillon 2005