Si les premiers projets prévoyaient l'armement du réseau avec des rails Vignole de 17 kg/m, il est finalement décidé à la demande des Ponts et Chaussées l'emploi de rails de 21 kg/m, permettant une charge par essieux plus importante. Au final ce sont des rails de 20,8 kg/m qui sont employés sur Lons-le-Saunier - Saint-Claude et Orgelet, posés sur des traverses en chêne non créosotées munies de selles sans talon.
Lors du prolongement d'Orgelet à Arinthod, ce sont cette fois-ci des rails de 21,3 kg/m qui sont employés, toujours avec des traverses non créosotées.
Dès 1904, l'exploitant et le département se rendent compte de l'erreur dans le choix des traverses. En effet, si celles-ci permettent une économie appréciable lors de leur achat, leur durée de vie est asez courte, surtout dans une région comme le Jura, où elles sont exposées à la pluie, au gel, à la neige et au soleil.
Ainsi, dès 1906, la décision est prise : la ligne nouvelle de Foncine sera équipée de traverses créosotées avec selles à talon, et les anciennes traverses des lignes d'origine seront intégralement remplacées si l'essai s'avère concluant. Mais afin de réduire les coûts à l'achat, il est décidé de commander des traverses en bois brut, que la compagnie exploitante se chargera de créosoter elle-même. À cet effet, un atelier de créosotage des traverses est installé à la Bifurcation. Les rails sont toujours de type Vignole, d'un poids de 20,3 kg/m.
L'expérience des traverses créosotées se révélant un succès, il est décidé le remplacement intégral des traverses non créosotées ; ainsi entre 1908 et 1913 plus de 45.000 traverses sont remplacées.
Début 1914, le département passe un accord avec le P.L.M. : celui-ci lui fournira 4.500 tonnes de rails usagés de type PLM-A, d'un poids de 34,2 kg/m, en barre de 7,95 et 8 mètres. Ces rails seront employés sur la ligne de Saint-Claude, les anciens rails étant réutilisés pour les voies des lignes nouvelles de Pierre-de-Bresse et Saint-Julien-sur-Suran.
La convention est signée le 24 avril 1914, et jusqu'au 7 août 1914 339,664 T de rails ont le temps d'être livré, soit une longueur d'environ 136 km de voies. Les rails sont bien vite réquisitionnés, et le marché annulé. La compagnie des C.F.V. arrive néanmoins à renouveler la voie entre la gare de Revigny et celle de Bifurcation entre juillet et novembre 1914.
Malheureusement, le département avait fait approvisionner un grand nombre de traverses (environ 46.000) en vue du renouvellement de la voie, et celles-ci pourissent lentement un peu partout le long de la ligne de Saint-Claude.
Durant la guerre, environ 15.000 traverses ont été réquisitionnées, et 15.000 vendues à Dyle et Bacalan pour la ligne de Morez à La Cure. Au 13 juillet 1918 il reste entre 16 et 18.000 traverses entreposées ; 3 à 4.000 sont conservées par les C.F.V. pour l'entretien des voies, et le 3 mai 1921 il est finalement décidé d'utiliser le reliquat des traverses en bon état sur la ligne de Salins à Andelot, dans la traversée de Salins.
Lors de la construction du réseau de Champagnole, le rail de 20 kg/m paraissant trop faible pour supporter la charge par essieu des automotrices électriques, le département pense utiliser un rail lourd de 26 kg/m, offrant également une meilleure conductivité électrique.
Mais devant l'augmentation du prix des rails de 26 kg/m neufs, le département s'oriente vers l'achat de rails d'occasion au P.L.M. Il s'agit toujours de rails de type PLM-A de 34 kg/m, mais la compagnie du P.L.M. se révélant incapable de fournir les quantités demandées, il est finalement décidé l'emploi de rail neuf de 26 kg/m, au vu de la mauvaise qualité des rails d'occasion proposés sur le marché.
Le reliquat des rails sera utilisé pour refaire la voie dans la descente de Lavans sur la ligne de Lons-le-Saunier à Saint-Claude, ainsi que pour équiper la voie au départ de la gare d'Andelot sur la ligne d'Andelot à Salins.
À partir de l'abandon du service voyageurs sur les lignes du réseau de Lons-le-Saunier, l'entretien de la voie devient sommaire, si bien que lors de la reprise du trafic en 1940, celle-ci ne sera pas dans un état acceptable du point de vue sécurité. Les matières premières se faisant rares durant la guerre, la compagnie a bien du mal à entretenir correctement la voie, et la dépose des rails entre Ilay et St-Laurent en 1943 lui permettra de remplacer certaines portions de voies extrêmement dangereuses.
Toutes les lignes étaient posées sur du ballast provenant des carrières de la région.
Pour Lons-le-Saunier – Saint-Claude et Orgelet le rayon minimum des courbes est fixé à 70 mètres en pleine voie et 30 mètres dans la traversée des villes, les déclivités maximales sont fixées à 4 %. Lors du prolongement sur Arinthod, le rayon minimum est porté à 80 mètres en pleine voie, et les déclivités maximales sont abaissées à 3,5 %.
copyright Elie Mandrillon 2005