Le 19 janvier 1892, suite aux demandes du P.L.M., le Conseil Général vote la substitution de la ligne de Lons-le-Saunier à Saint-Jean-de-Losne à celle de Verges à Molinges, et adopte définitivement la liaison de Clairvaux à Saint-Claude. L'établissement d'une ligne à voie normale reliant Lons-le-Saunier à Saint-Claude est donc repoussée aux calendes grecques, bien que le projet d'une liaison de Lons-le-Saunier à Genève par le col Faucille perdure jusqu'en 1914.
Après accord des autorités militaires le 17 avril 1892, le dossier de la ligne de Clairvaux à Saint-Claude est transmis au ministère le 28 juin, puis le 26 août le Conseil Général décide de réunir les deux lignes dans un seul et même projet. Le 29 août, autorisation est donnée au préfet du département du Jura pour signer le traité de rétrocession avec M. Alesmonières, ce qui est chose faite le 26 décembre suivant. La déclaration d'utilité publique des lignes de Lons-le-Saunier à Saint-Claude et Orgelet suit le 1er février 1893.
Il ne reste plus qu'à constituer la compagnie exploitante qui sera substituée à M. Alesmonières. Et, malheureusement pour les habitants de la région, la belle mécanique s'enraye. Le 15 février 1893, l'émission des actions de la Compagnie des Tramways à Vapeur du Jura, au capital de 3.650.000 francs, a lieu sans l'aval du Conseil d'État.
Au Conseil Général, réuni en session extraordinaire le 15 mars 1893 à la demande du Président de la République Française, pour statuer sur la validité de la substitution de la société anonyme à M. Alesmonières, les débats sont houleux. La publicité mensongère promettant une garantie de l'État de 4,25 % sur les actions émises, alors que ce chiffre n'est en réalité que de 3,50 %, ne plaide pas en la faveur de M. Alesmonières et de ses associés.
Le 16 mars le Conseil Général décide d'étudier la construction du réseau par le département, et ajourne sa décision concernant le sort de M. Alesmonières. Le 6 avril, celui-ci revient à la charge, soutenu par le Comptoir des Fonds Nationaux, et le 11 avril la substitution est validée, essentiellement par peur de voir la construction des lignes repoussée de plusieurs années.
Le dossier est adressé au ministère le 19 avril, mais le 27 juillet le Conseil d'État refuse la substitution, suite à la faillite du Comptoir des Fonds Nationaux. Pour sauver la face, M. Alesmonières propose le 22 août son désistement, qui est accepté par le préfet le 23 (et officialisé par décret du 31 octobre 1893).
copyright Elie Mandrillon 2005